南方医科大学学报

北大核心,CA,JST,CSCD,WJCI

国内刊号:44-1627/R

国际刊号:1673-4254

南方医科大学学报杂志2022年第3期:白三烯B4受体在急性髓系白血病中的预后价值和功能富集分析

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作者:张晓宁, 张晓瑜, 刘 鹏, 刘 阔, 李文文, 陈倩倩, 马万山

单位:山东第一医科大学第一附属医院(山东省千佛山医院)检验医学//山东省医药卫生临床检验诊断学重点实验室,山东 济南 250014;济南市第五人民医院肾内科,山东 济南 250022

关键词:急性髓系白血病;白三烯B4受体;生物信息学;预后;功能富集;免疫浸润,

目的 运用生物信息学分析白三烯B4受体(LTB4R)在急性髓系白血病(AML)患者中的表达模式、预后价值和潜在生物学功能。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片数据平台(GEO)下载mRNA基因芯片数据集和临床基线资料数据集,利用R studio进行表达分析、生存分析、Cox风险回归分析、相关性分析研究LTB4R的表达模式和预后价值。利用UALCAN 平台研究 LTB4R表达水平与临床特征的关联。利用linkedomics平台筛选出LTB4R共表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析。应用STRING平台构建蛋白质相互作用网络。基于LTB4R表达水平将LAML数据集分组并筛选差异表达基因,继而进行GSEA分析。收集临床30例AML患者及21例健康对照者外周静脉抗凝血2 mL,分离单个核细胞,采用qRT-PCR对LTB4R和免疫检查点基因表达水平、相关性进行验证;分离外周血500 μL血清,采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测LTB4R蛋白表达水平。结果 LTB4R表达水平在AML患者骨髓样本中显著增强(4.898±1.220 vs 2.252±0.215,P<0.001),与不良预后相关[P=0.004,风险指数(HR)=1.74],并可做为AML预后的独立风险因素(P=0.019,HR=1.66)。同时LTB4R与FAB分型、细胞遗传学风险、染色体异常、NPM1突变相关。 LTB4R 的共表达基因富集到多个肿瘤发生相关的信号途径,例如粒细胞炎症、淋巴细胞激活、免疫反应信号传导、能量代谢等。GSEA分析显示差异基因富集于免疫细胞分化、活化、细胞因子信号途径等。临床实验证实AML患者样本中LTB4RmRNA(P=0.044)及蛋白表达水平增高(P=0.008),并且mRNA表达水平与HAVCR2呈正相关(r=0.466,P=0.040)。结论 LTB4R 可做为AML的新型标志物和独立预后指标,潜在功能富集于肿瘤免疫、代谢相关信号通路,可为AML 疾病进程相关信号通路和分子网络研究提供线索。

来源:2022年第3期

《南方医科大学学报》期刊编辑部

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