南方医科大学学报

作者：马玉楠, 邹丽容, 梁源浩, 刘泉汛, 孙 倩, 庞玉莲, 林洪青, 邓小玲, 唐时幸

单位：南方医科大学公共卫生学院流行病学系，广东 广州 510515；广东省疾病预防控制中心病原微生物研究所，中国医学科学院广东省新发传染病防治工作站，广东 广州 511430；南方医科大学南方医院感染科，广东 广州 510515

关键词：聚合酶链式反应；CRISPR基因编辑；新冠核酸检测；奥密克戎；BA.4/5变异株,

目的 建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法 结合逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）与 CRISPR 基因编辑技术，基于次优原间隔区相邻基序（suboptimal-PAM）设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPR RNA（crRNA），从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法。本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本（包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5）以及20例新冠病毒阴性的临床样本（包括11种常见呼吸道病原体），并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC 曲线下面积（AUC）以及灵敏度（SEN）、特异性（SPE）、一致性（Kappa）评价检测方法的性能。结果 本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2，所建立的方法可在30 min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株，最低检测限为10 copies/μL。此外，在检测感染11种常见呼吸道病原体的临床样本时均未观察到非特异性交叉反应。基于crRNA-1和crRNA-2的检测结果的灵敏度分别为97.83%、100%；特异性均为100%；ROC 曲线下面积分别为 0.9989 和 1.0；与 Sanger 测序方法的一致性分别为 92.83%、96.41%。结论 本研究采用 CRISPPR-Cas12a基因编辑技术与逆转录聚合酶链式反应相结合，成功建立了一种快速检测与鉴别SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株的新方法。其特异性强、灵敏度高、稳定性好，可用于新冠病毒奥密克戎BA.4/5变异株的批量检测与分型，可用于常规监测和跟踪SARS-CoV-2变异的传播。

来源：2023年第4期

《南方医科大学学报》期刊编辑部

查看南方医科大学学报杂志2023年第4期